Sông Đồng Nai là một lưu vực sông rất quan trọng đến việc phát triển kinh tế xã hội và dân sinh của 11 tỉnh thành của Nam Bộ nhưng lại là lưu vực có bình quân lượng nước hàng năm trên đầu người thấp nhất trong các lưu vực sông tại Việt Nam. Hệ thống sông Đồng Nai là nơi tập trung nhiều khu công nghiệp đa nghành nghề thuộc các lĩnh vực khác nhau và là nơi tập trung đông các khu dân cư có nhu cầu cao trong sử dụng nước, đặc biệt tập trung tại khu vực hạ lưu. Vấn đề sử dụng nguồn nước đã và đang gặp nhiều khó khăn hơn khi nguồn nước tại lưu vực sông Đồng Nai đang trở nên hạn chế do các tác động của biến đổi khí hậu và các hoạt động của con người.
Dự án lấn sông Đồng Nai có tên chính thức là dự án “Cải tạo cảnh quan và phát triển đô thị ven sông Đồng Nai” được UBND tỉnh Đồng Nai đã phê duyệt quy hoạch 1/500 và chấp thuận đầu tư (Quyết định số 2230/QĐ-UBND ngày 21/7/2014) – do Công ty cổ phần Toàn Thịnh Phát (thuộc tập đoàn Thành Thành Công) khởi công vào tháng 1/2015. Dự án này với quy mô 8,4 ha (84.000 m2), nằm dọc theo sông Đồng Nai,trong đó diện tích lấn sông lên tới hơn 7,7 ha vàchỉ có hơn 0,6 ha là đất hiện hữu. Dự án này kéo dài hơn 1,3 km từ công viên Nguyễn Văn Trị (đối diện UBND tỉnh Đồng Nai) đến cầu Rạch Cát (P.Quyết Thắng), và đã đổ đất đá lấn mặt nước sông đoạn hẹp nhất là 30m và đoạn rộng nhất là 100m.
Ngày 27/3/2015, Phó Thủ tướng đã giao Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với các Bộ: Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ Xây dựng, Bộ Giao thông Vận tải, UBND tỉnh Đồng Nai và các cơ quan liên nghành kiểm tra việc thực hiện, đánh giá tác động của dự án, xử lý theo thẩm quyền và quy định của pháp luật hiện hành. Đồng thời, đề xuất những vấn đề vượt thẩm quyền, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong tháng 5/2015. Ngày 28/3/2015 UBND tỉnh Đồng Nai và Chủ đầu tư đã tạm dừng việc thực hiện Dự án.
Ngày 1/6, Bộ Tài nguyên – Môi trường đã kiến nghị Chính phủ tiếp tục giao cho Bộ chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan thẩm định lại Báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) của dự án lấp sông Đồng Nai. Đặc biệt là vấn đề thoát lũ, lưu thông dòng chảy, bồi lắng, sạt, lở lòng, bờ bãi sông. Ngày 16/6, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng cũng đã yêu cầu Bộ Tài nguyên Môi trường thẩm định lại báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) của “Dự án cải tạo cảnh quan và phát triển đô thị ven sông Đồng Nai”, nhất là các tác động của dự án tới dòng chảy sông Đồng Nai, làm cơ sở đề xuất cấp thẩm quyền xử lý dự án trên theo đúng các quy định của pháp luật.
Nếu Dự án được tiếp tục xây dựng, nó là một hoạt động xây dựng lấn chiếm mặt nước và tạo thành hạ tầng lớn cản trở và thay đổi dòng chảy tự nhiên, chiếm mặt nước tự nhiên trên sông Đồng Nai. Điều này sẽ gây hậu quả nghiêm trọng làm giảm chất lượng nguồn nước, tăng nguy cơ ô nhiễm nguồn nước sinh hoạt, giảm tiêu thoát nước trong mùa mưa lũ, gây xói lở bờ sông, thay đổi dòng chảy trực tiếp ảnh hưởng xấu đến Cù Lao Phố và đặc biệt, nó tạo nên tiền lệ xấu lấn sông xây dựng công trình hạ tầng tại các thành phố có sông chảy qua. Sông Đồng Nai là sông liên tỉnh, việc xây dựng hạ tầng cơ sở lớn ở lòng sông như vậy là trái phép, là vi phạm đến pháp luật Tài nguyên nước và luật bảo vệ môi trường,. Nó không những tác động đến đoạn sông qua tỉnh Đồng Nai mà còn có những tác động xấu đến các môi trường và sức khỏe của các hệ sinh thái sông của toàn bộ lưu vực, ảnh hưởng đến các địa phương khác cùng chia sẻ dòng sông, trong đó có Thành phố Hồ Chí Minh.